环境学科立足四川，依靠长江上游和成渝双城经济圈核心地缘优势，以长江经济带发展战略和乡村振兴战略为引领，以解决长江上游农业生态环境问题为靶向，聚焦长江上游涉农生态环境问题，逐步形成了农业环境退化与恢复、土壤污染控制与修复工程、废弃物处理与资源化工程、环境规划与管理4个特色鲜明的研究方向，致力于我国农业、农村生态环境保护和可持续发展研究。
农业环境退化与恢复：针对农业面源污染严重和农业功能退化问题，聚焦农业生产活动中的各类污染物在多生态尺度、多环境介质体系下的转化、归趋、生态效应以及退化诱发机制，形成了以生态型污染防治与环境恢复为特色的科学体系。在农业资源优化配置模式和农业生态平衡构建机制方面特色明显。
土壤污染控制与修复工程：针对复杂土壤环境污染现状，聚焦土壤介质中污染物的化学行为、迁移路径和转化规律等科学问题，在生物性治理资源发掘、友好型修复材料创制、生态型修复技术开发等方面开展研究，形成完善的生态修复策略与治理工程方案。在土壤重金属污染生态修复方面优势突出。
废弃物处理与资源化工程：从资源利用和污染控制角度，对城乡生产、生活过程中产生的水、固等废弃物，开展传统处理与资源化技术升级和高新技术开发，以及典型污染物环节管控技术研究，实现废弃物的多层次、跨系统、全流程的资源化，形成以物质能量循环、高效清洁生产为基础的处理和资源化技术路线、工艺方案和工程应用，服务城乡环境可持续发展。在农业面源污染防治、城乡环境综合治理领域特色明显。
环境规划与管理：围绕生态环境安全与可持续发展目标，在重点流域水环境保护、水土资源调配、生态环境管理、清洁生产与可持续发展、环境工程管理等领域开展研究。在农村环境与饮用水水源地保护、复杂区域生态环境规划、流域环境管理、农业可持续发展机制等方面优势明显。